Tưởng bổ nhiệm Trần làm Chủ tịch tỉnh Đài Loan năm 1949 để xây dựng Đài Loan thành căn cứ cho Quốc dân đảng. Sau khi lực lượng Quốc dân rút ra Đài Loan, Trần tiếp tục giữ những chức vụ quan trọng như Phó tổng tài Quốc dân đảng, Phó tổng thống và Thủ tướng Trung Hoa Dân Quốc.

Trong những năm ở Đài Loan, ông đưa ra nhiều chương trình cải cách ruộng đất, kinh tế và phát triển mô hình tái thiết Đài Loan. Ông ngăn được chủ nghĩa cộng sản lan đến Đài Loan vì nông dân được sở hữu ruộng đất mà họ cày cấy. Những chủ đất cũ được trao cho cổ phiếu từ những tập đoàn do chính quyền nắm giữ. Ông cũng có công khởi dựng một vài công trình xây dựng. Một trong số đó là hồ chứa nước Thạch Môn, giúp giảm ngập lụt và tăng sản lượng lúa gạo.

Ông là một trong những lãnh đạo nổi tiếng tại Đài Loan. Trần chết vì ung thư gan năm 1965. Tro cốt của ông được đưa về Tu viện Phổ Quang Sơn, quận Cao Hùng (nay thuộc thành phố Cao Hùng) vào tháng 8 năm 1995.